ＮＰＯ法人とは特定非営利活動促進法という法律に基づいた、営利を目的としない民間の団体のことをいいます。
営利を目的としない、よくこの部分について誤解している方が多いですが、何もボランティア活動だけを指すのではありません。

行政でも企業でもない、柔軟な活動が可能になる為、高い志を持って自分たちの価値観で社会貢献活動が出来る部分が最大の魅力になります。
しかし法律に基づいた団体になるため、設立要件をクリアーした上で政府の認証を受けなければなりません。
申請先は事業所の所在地によって異なりますが、事業所が一県にだけ所在する場合は都道府県知事、複数県内に事業所を保有する場合は内閣総理大臣が申請先になります。
事業内容によって申請先が異なるのではなくあくまでも事業所の所在地によります。

設立要件は以下の通りです。
まず第一に営利を目的としていないこと
社員の資格の得失に関して不当条件を付さないこと
１０名以上の社員がいること
役員として３名以上、理事として１名以上の監事がいること
役員報酬を受ける者の数が総数の３分の１以下であること
宗教活動・政治活動を主たる目的としていないこと
特定の公職者や政党を支持、推薦、あるいは反対することを目的としていないこと
暴力関係者ではないこと、暴力団員の統制下の団体ではないこと

これらの設立要件を全て満たした上で申請書と必要書類を準備して都道府県知事あるいは内閣総理大臣の認証を受けます。
認証審査には約四カ月もの期間を有しますので、ＮＰＯ法人を設立するには書類の準備期間も含めると半年前後は必要になるかと思います。
またいきなり所轄庁に申請書を持っていっても門前払いされる可能性もあります。
必ず事前に連絡を入れて、担当者と打ち合わせをする機会を持ちましょう。